Другой системой, ставшей популярной в московских школах, является теория учебной деятельности и методов начального обучения Д.Б. Эльконина и В.В. Давыдова. Система Эльконина-Давыдова разрабатывалась с 1958 г. на базе экспериментальной школы N 91 Российской академии образования. Особенностью этой психолого-педагогической концепции являются разнообразные групповые дискуссионные формы работы, в ходе которой дети открывают для себя основное содержание учебных предметов.

Знания не даются детям в виде готовых правил, аксиом, схем. В отличие от традиционной, эмпирической системы в основу изучаемых курсов положена система научных понятий. Отметок детям в начальной школе не ставят, учитель совместно с учениками оценивает результаты обучения на качественном уровне, что создает атмосферу психологического комфорта. Домашние задания сведены к минимуму, усвоение и закрепление учебного материала происходит на уроках. Дети не переутомляются, их память не перегружается многочисленными, но малосущественными сведениями. В результате обучения по системе Эльконина-Давыдова дети в состоянии аргументировано отстаивать свою точку зрения, учитывать позицию другого, не принимают информацию на веру, а требуют доказательств и объяснений. У них формируется осознанный подход к изучению различных дисциплин. Обучение проводится в рамках обычных школьных программ, но на другом качественном уровне. В настоящее время разработаны и практически применяются программы по математике, русскому языку, литературе, естествознанию, изобразительному искусству и музыке для начальной школы и программы по русскому языку и литературе для средней школы.